В края на XIV-ти век България пада под османска власт. София е завладяна през 1385 г. Османското завоевание променя облика на града.
Джамията Баня Баши е построена в средата на XVI-ти век. Предполага се, че е дело на известния османски архитект Мимар Синан. Някога джамията е била разположена до турска баня. Оттам носи името си. В средата на XVII-ти век османският пътешественик Евлия Челеби пише, че джамията имала най-красивото минаре в София.
Днес Баня Баши е единствената действаща джамия в София. Тя побира до 700 души и е тясна за мюсюлманите в града. По време на байрамите и петъчните молитви те се молят на тротоара пред джамията.
