Старата сграда на католическия храм „Свети Йосиф“ е разрушена при бомбардировките над София през 1944 г. Нейното възобновяване се оказва невъзможно в годините на комунистическия режим.
Политическите репресии след 9 септември 1944 г. не отминават католическото духовенство в България. През 1948 г. всички свещеници чужденци са екстрадирани.
През лятото на 1952 г. са арестувани много български католически духовници. Обвинени са, че са извършвали шпионаж и са подготвяли заговор срещу държавата. Подложени са на нечовешки мъчения. Епископ Евгений Босилков и отците Йосафат Шишков, Павел Джидров и Камен Вичев са осъдени на смърт чрез разстрел.
На 15 март 1998 г. в римската базилика „Свети Петър“ папа Йоан Павел II провъзгласява епископ Евгений Босилков за блажен. Евгений Босилков е първият епископ-мъченик от Източна Европа.
През 2002 г. папа Йоан Павел II посещава България. На 26 май 2002 г. в Пловдив той обявява за блажени отците Йосафат Шишков, Павел Джидров и Камен Вичев.
По време на посещението си папа Йоан Павел II полага основния камък на новия католически храм в София. Строежът на храма е подпомогнат финансово от католици от целия свят. През 2006 г. сградата е осветена от държавния секретар на Ватикана.
