Основан като Висше училище през 1888 г., през 1904 г. Софийският университет получава автономен статут. До 1944 г. автономията му е нарушавана два пъти от българските правителства.
През 1907 г., след като студенти освиркват монарха, са уволнени всички университетски преподаватели. Едногодишната борба на българските учени е подкрепена от българската общественост. Довежда до правителствена смяна и възвръщане на цялата преподавателска колегия.
Другата голяма университетска криза е в началото на 20-те години. Тя започва, след като правителството на земеделската партия уволнява един университетски преподавател. Конфликтът се разраства. На 10 март 1922 г. Академичният съвет преустановява лекциите в Университета. С петиции, митинги и шествия отново е подкрепен от българската общественост. И отново успява. Университетската автономия, разглеждана като единствена гаранция за свободата на науката, е защитена.
Още в първите месеци след преврата на 9.IX. 1944 г. са уволнени десетки университетски преподаватели. В условията на политически репресии, протестите са немислими. Официално автономията на Университета е отнета в края на 40-те години. До падането на комунистическия режим през 1989 г. науката и висшето образование в България са подчинени на властта.
