Църквата „Света Петка Самарджийска“ е издигната през XI-ти век. Тогава България е била под византийско владичество. Църквата е била действаща по време на Второто българско царство и през османския период.
Църквата е изписана на два пласта, датирани в края на XIV-ти век и в края на XV-ти/началото на XVI-ти век. Според повечето учени, горният пласт е дело на големия български иконописец Свети Пимен Зографски.
В началото на 50-те години на ХХ-ти век комунистическата партия предприема мащабни промени в центъра на София. Църквата се оказва в средата на нов възлов площад.
Опитали се да я затрупат, но покривът продължавал да стърчи. Решили да я бутнат. Сформирали бригада работници. В нощта преди събарянето на храма няколко работника сънували еднакъв сън. „Тук камък можеш да сложиш, но не и да махнеш!“ – им казвал глас в съня. Били смутени. Един от работниците обаче, взел кирка и тръгнал да руши. И както замахнал, останал на място вкаменен.
Стари софиянци все още разказват за вкаменения работник. Знамението спряло атеистите – обясняват те.
Църквата е запазена, но остава затворена до началото на 90-те години. В този период изчезва иконостасът й.